Les Pères blancs remplacent les frères capucins ; par la suite, des prêtres de différentes congrégations se donnent la relève.La population chrétienne est majoritairement constituée de pêcheurs maltais, même au temps du protectorat français, au point que le catéchisme et les homélies sont en arabe tunisien, proche du maltais. Le Card. Lavigerie prévient les prêtres qu’il nomme dans cette paroisse : « Djerba, c’est trois ou quatre cents chrétiens perdus dans une trentaine de mille musulmans ».

Sous l’impulsion du père François Xerri, l’intérieur de l’église est renouvelé. Les piliers, dont les chapiteaux ont été taillés en pierre de Malte par un sculpteur originaire de Gozo, sont revêtus de damas lyonnais par les fidèles. Un nouveau presbytère est également construit à l’emplacement de l’ancien qui tombait en ruines ; deux tours avec des cloches encadrent maintenant la façade de l’église. L’ancien presbytère à côté de l’église est aussi reconstruit. À la fin des travaux, l’église est dédiée à saint Joseph. Le père Xerri, qui s’éteint le 24 décembre 1946 après 45 ans à la tête de la paroisse, est inhumé dans l’église.

Les dons des fidèles et de l’archevêché de Carthage permettent de remplacer l’autel et de refaire le carrelage ; les statues de saint Pierre et de saint Paul sont installées en façade.

L’église Saint-Joseph, cédée au gouvernement tunisien en 1964, devient un bâtiment municipal avant de retrouver sa fonction d’origine en 2005 par un décret présidentiel. Elle est alors restaurée et décorée de mosaïques inspirées aux plus anciennes mosaïques chrétiennes découvertes en Tunisie et à Ravenne (Italie).